Die Gründungsphase des Osteuropa-Instituts fiel in die turbulente Zeit der Neukonstituierung der Berliner Universitätslandschaft. An der Vorbereitung beteiligt waren Vertreter des Bundes, der amerikanischen Besatzungsbehörde, der Stadt Berlin und der 1948 gegründeten Freien Universität. Der spätere langjährige Verwaltungsleiter des Osteuropa-Instituts Georg Kennert, in der Gründungsphase persönlicher Referent des Rektors, hatte bereits zu diesem Zeitpunkt eine Schlüsselrolle inne. Max Vasmer (Slavistik) kam bereits 1949 an die Freie Universität und 1951 an das neu gegründete Osteuropa-Institut. Werner Philipp (Geschichte) wechselte 1951 von der Universität Mainz an die Freie Universität und hielt 1951 den Festvortrag beim Gründungsakt des Osteuropa-Instituts. Dessen Forschungsagenda wurde von diesen beiden Gründungsprofessoren nachhaltig geprägt. Auch Karl C. Thalheim (Wirtschaftswissenschaften) und Walter Meder (Rechtswissenschaft) zählen zu den Gründungsprofessoren.