Die 1960er Jahre waren in vielerlei Hinsicht eine Zeit des Aufbruchs: die Proteste gegen den Vietnamkrieg, die Antiautoritäre Bewegung, demokratische Aufbrüche im Osten, die Niederschlagung des Prager Frühlings. Neue Lebensweisen wurden gefordert und ausprobiert. Studentinnen und Studenten in Berlin waren besonders aktiv in dieser Bewegung. Viele bekannte Namen sind eng mit der FU Berlin verbunden.

Auch am Osteuropa-Institut fand dies seinen Niederschlag. Allerdings stand das Institut nicht so im Zentrum der Proteste wie das benachbarte Otto-Suhr-Institut für Politikwissenschaft. Zugleich wandelte sich der Blick auf Osteuropa. Nur zwei Jahre später erkannte die Bundesrepublik mit der Unterzeichnung des Warschauer Vertrags die deutsche Ostgrenze 25 Jahre nach Ende des Zweiten Weltkriegs an. Willy Brandts Kniefall in Warschau vor dem Mahnmal im ehemaligen Ghetto markierte eine neue Phase der Auseinandersetzung mit der deutschen Schuld.