Der Fall des Eisernen Vorhangs brachte auch das OEI ins Wanken. Die »totale Vorherrschaft der Sowjetunion« in Wirtschaft, Soziologie und Philosophie und somit die Einheitlichkeit Osteuropas sind Vergangenheit, formulierte FU-Vizepräsident Peter Kuhbier 1992 und stellte somit die Notwendigkeit eines eigenständigen Osteuropa-Instituts in Frage. Auch wenn er seine Aussage nachträglich revidierte, war die öffentliche Debatte bereits in vollem Gange. So wurde der Vorwurf erhoben, man habe am OEI die Entwicklungen der letzten Jahre verschlafen und arbeite ineffizient. Die Mitarbeiter:innen und die Studierenden des OEI reagierten mit Protesten und forderten das Weiterbestehen des Instituts bei gleichzeitiger Umstrukturierung. Argumentiert wurde auch, dass eine Schließung des Instituts ein wichtiges wissenschaftliches Kommunikationszentrum zwischen Ost und West zerstöre. Die Schließung konnte abgewendet werden und das Institut wurde reformiert.