Bereits seit seiner Gründung verfügte das OEI über exzellente Beziehungen zur englischsprachigen Osteuropaforschung. Konferenzteilnahmen, Gastvorlesungen, Forschungsaufenthalte oder Gastprofessuren, insbesondere in den USA, Großbritannien, aber auch Israel konnten dabei stetig institutionalisiert werden. Forschungskontakte hinter dem Eisernen Vorhang gestalteten sich jedoch bis Anfang der 1970er Jahre schwierig. Erste vorsichtige Kontakte nach Osteuropa kamen im Rahmen von Bücheraustauschen mit sowjetischen oder polnischen Bibliotheken in den 1950er Jahren zustande, etwa ab 1952 mit dem Westinstitut (Instytut Zachodni) in Poznań. Beide Institute verfolgten das Ziel, den Austausch zwischen deutscher und osteuropäischer Forschung wiederherzustellen. Ein weiterer Meilenstein der Internationalisierungsbemühungen war das 1968 abgeschlossene Kooperationsabkommen der Freien Universität mit der Ždanov Universität in Leningrad. Das Abkommen bildete die Grundlage für Sprachaufenthalte und Exkursionen Berliner Studierender in die UdSSR.

Nach dem Fall des Eisernen Vorhangs musste das OEI um seine Weiterexistenz bangen. Erforderlich waren eine umfassende Restrukturierung und inhaltliche Neuorientierung. Im Fokus stand nun nicht mehr der Systemvergleich, sondern der postsozialistische Wandel. Um Forderungen nach einer starken interdisziplinären Ausbildung gerecht zu werden, wurde 1991 der Magisterstudiengang Osteuropastudien eingeführt. Auch der geographische Fokus erweiterte sich über die Jahre. Während Kooperationen mit traditionellen osteuropäischen Partnern institutionalisiert und ausgebaut wurden, wächst seit einiger Zeit das Interesse an den Peripherieregionen der ehemaligen UdSSR. Dieser Fokus auf transnationale Verflechtungsräume hat seit 2018 dazu geführt, dass das OEI sein Partnernetzwerk in den Ländern des Südkaukasus, in Zentralasien, aber auch im Nahen Osten und dem Iran ausgebaut hat. So können Studierende am OEI mittlerweile über zahlreiche Mobilitätsprogramme diesen Verflechtungsraum erfahren.