Bedeutende akademische Institutionen der wissenschaftlichen Beschäftigung mit dem östlichen Europa waren von 1918 bis 1945 etwa das Osteuropa-Institut in Breslau und das Institut für ostdeutsche Wirtschaft (ab 1936 Institut für Ostforschung) in Königsberg 1916–1945. Hier entstanden nach 1933 Forschungsarbeiten, die in planerischer und beratender Weise Einfluss auf die deutsche Besatzung Osteuropas nach 1939 und die Shoah nahmen. Das Osteuropa-Institut an der Freien Universität Berlin stand einerseits in der Tradition der Breslauer und Königsberger Institute, andererseits sollte der Bruch mit der nationalsozialistischen Ostforschung offen durchgeführt werden. Allerdings war ein erheblicher Teil der Mitglieder des OEI in die Ostforschung der NS-Zeit involviert. 1966 veröffentlichte Werner Philipp aus Anlass der Universitätstage der FU eine fundierte Analyse der Ostforschung im Nationalsozialismus und wies diese zurück. »Der Gegenstand bleibt widerlich, beschämend«, schrieb er. Er konfrontierte seine eigene Disziplin mit ihrer sehr weitreichenden Schuld für die legitimatorische Vorbereitung des Kriegs und des Völkermords und stellte gleichzeitig die gesellschaftliche und moralische Verantwortung der Wissenschaft heraus. In seinem Vortrag erwähnte er jedoch nicht, dass er selbst von 1942–1943 im Reichsministerium für die besetzten Ostgebiete als stellvertretender Leiter der Oststelle sowie im Führungsstab Politik tätig war.