Das Jahr 1968 war in vielerlei Hinsicht ein Jahr des Aufbruchs: die Proteste gegen den Vietnamkrieg, die antiautoritäre Bewegung, demokratische Aufbrüche im Osten, die Niederschlagung des Prager Frühlings. Studierende in Berlin waren besonders aktiv in dieser Bewegung. Auch am Osteuropa-Institut fand dies seinen Niederschlag. Allerdings stand das Institut nicht so stark im Zentrum der Proteste wie das benachbarte Otto-Suhr-Institut für Politikwissenschaft. Zwei zentrale Protagonist:innen der Studentenbewegung studierten am OEI: Gretchen und Rudi Dutschke. Rudi Dutschke war zudem studentische Hilfskraft in der Abteilung Soziologie des Instituts. Aus der außerparlamentarischen Opposition und den studentischen Hochschulbünden kam es in der Zeit von 1967 bis 1969 immer wieder zu Streiks an Berliner Universitäten. Gestreikt wurde unter anderem gegen die Einführung von Studiengebühren, für ein größeres Mitspracherecht an den Hochschulen oder für eine Politisierung des Lehrbetriebs. Auch am OEI streikten die Studierenden am 17. Januar 1969 und hinderten den Instituts-Direktor Werner Philipp an der Abhaltung seiner Vorlesungen. Dem Institut unterstellten die Studierenden in „friedlicher Symbiose mit Geheimdiensten“ zu leben. Auch in den folgenden Wochen wurde weiter gestreikt. In einem Aushang äußerten einige Mitarbeitende des Instituts die Sorge, dass die Unterstellung einer Kooperation mit dem Verfassungsschutz ihnen Reisen ins sowjetische Ausland erschweren könne.