Das Osteuropa-Institut und das „Johan Skytte Institute of Political Studies“ der Universität Tartu haben bereits seit Jahren eine intensive Kooperation im Rahmen der internationalen Autumn School, welche gemeinsam mit der Universität Helsinki organisiert wird. In diesem Jahr wird die Autumn School turnusgemäß an der Partneruniversität in Estland organisiert. Die Studierenden werden sich diesmal mit dem Thema der Europäischen Nachbarschaftspolitik (ENP) befassen.

Seit dem Wintersemester 2015/16 gibt es außerdem die Möglichkeit für Studierende des Masters Osteuropastudien sich für ein Double Degree Programm mit der Universität Tartu zu bewerben. Je zwei Studierende des Masters „lnternational Relations and Regional Studies“ der Universität Tartu und des Masters Osteuropastudien der Freien Universität Berlin werden jährlich für den Austausch nominiert. Im kommenden Wintersemester 2016/17 wird die erste Gruppe an Studierenden beider Universitäten an dem gemeinsamen Austauschprogramm teilnehmen.